La DGSFP tampoco se libra de quejas e investigaciones por el desarrollo de sus servicios. De hecho, en términos globales la DGSFP, la CNMC, la Secretaría de Estado de Energía y otras direcciones de comunidades autónomas fueron los organismos con los que se siguió un mayor número de tramitaciones en 2019. Contra la DGSFP, la principal fuente de las quejas fue la demora al tramitar reclamaciones.